Sr9009 está entre os temas em que os detalhes importam mais que as manchetes. Esta página reúne contexto, mecanismos e os pontos práticos mais consultados.
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=== Programação dinâmica === A técnica de programação dinâmica é de grande importância para o alinhamento de sequências e para toda a bioinformática por sua grande precisão em achar um alinhamento ótimo. Os algoritmos mais conhecidos para o alinhamento de sequências utilizam este modelo, estes são o algoritmo de Needleman–Wunsch (utilizado em alinhamentos de sequências globais) e Algoritmo de Smith-Waterman (utilizado em alinhamentos de sequências locais). O algorítimo de Needleman-Wunsch foi a primeira aplicação desta técnica a comparação de sequências biológicas. Para a utilização deste método no alinhamento de sequências, é necessário a construção de uma matriz de pontuação, onde os casamentos, substituições e remoções nas sequências são usados como parâmetros relativos. Os resultados obtidos são guardados numa tabela, conhecida como a matriz de programação dinâmica. Seu tamanho é igual ao do produto do tamanho de s pelo tamanho de t, ou seja, o algorítimo de programação dinâmica exige um gasto proporcional a esse produto. Embora a técnica de programação dinâmica seja aplicável a qualquer número de sequências, por ser computacionalmente custoso tanto em tempo quanto em memória, é raramente usado para mais de três ou quatro sequências em sua forma mais básica.
Fontes: pt.wikipedia.org
=== Método K-tuple === O método K-tuple é um método consideravelmente mais rápido para alinhar duas sequências (usado exclusivamente em alinhamento de sequências par a par). Ele começa identificando sequências curtas idênticas, também conhecidas como k-tuple, e depois usa programação dinâmica para alinhar as sequências com base nessas palavras. Embora não garantem encontrar um alinhamento ideal, são significativamente mais eficientes que o algoritmo Smith Waterman. O método K-tuple é especialmente utilizado nos pacotes de software FASTA e BLAST, por sua eficiência em localizar e identificar sequencias. É um método independente de alinhamento de múltiplas sequências para inferência filogenética que envolve a estimativa da distância k-tupla (também conhecida como distância k-mer) entre sequências. A distância k-tupla entre duas sequências refere-se à soma das diferenças de frequência, em todas as tuplas possíveis de comprimento k, entre as sequências.
Fontes: pt.wikipedia.org
=== Matrizes de comparação === Ao utilizarmos matrizes de substituição podemos dar valores diferentes para coincidências de diferentes nucleotídeos ou aminoácidos. Vale notar que o resultado de um alinhamento de sequências pode ser completamente diferente dependendo da matriz de substituição utilizada. As matrizes de comparação são utilizadas durante o alinhamento de sequências de proteínas e isso se deve ao fato de existirem aminoácidos que são mais (ou menos) parecidos entre si do que outros. Há aminoácidos com cargas polares, apolares, ou sem carga; e a mudança, em uma proteína de um aminoácido apresentando uma determinada característica, para outro da mesma característica, é menos drástica do que uma mudança para um aminoácido apresentando característica diferente. Portanto, as matrizes de substituição são extremamente utilizadas no alinhamento de sequências proteicas. Mesmo no caso de sequências de nucleotídeos, são mais comuns as mutações conhecidas como transições do que as transversões. Nas transições, a mutação ocorre entre bases do mesmo tipo, purina para purina (A para G ou G para A) ou pirimidina para pirimidina (C para T ou T para C), enquanto nas transversões ocorre a mudança de uma purina para uma pirimidina ou o contrário. Dessa forma, ao utilizarmos matrizes de substituição, podemos dar mais pesos para as transversões do que para as transições, o que faria com que o resultado fosse mais relevante e pudesse estar mais relacionado com a evolução, por exemplo.
Fontes: pt.wikipedia.org
As matrizes de substituição mais comuns para sequências nucleotídicas são a mat50 e a mat70, enquanto para sequências proteicas as mais conhecidas são as matrizes PAM e BLOSUM. As matrizes BLOSUM (Blocks Substitution Matrix), por exemplo, são baseadas na observação das frequências de substituição em blocos de alinhamentos locais de proteínas relacionadas. Existem várias matrizes BLOSUM e elas devem ser utilizadas para comparar proteínas contendo um determinado valor de identidade, por exemplo, a matriz mais utilizada pelos programas é a BLOSUM62, que foi montada para comparar proteínas que apresentem 62% de aminoácidos idênticos. Abaixo vemos as matrizes de substituição de nucleotídeos mat50 e mat70. Podemos perceber que a matriz mat70 apresenta valores menores para algumas substituições. Isso faz com que o valor final do alinhamento entre duas sequências de DNA seja menor e, portanto, a matriz mat70 gera um resultado de alinhamento local de um menor número de bases do que a matriz mat50, que estende o alinhamento um pouco mais.
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Sr9009 é resumido aqui a partir de literatura pública: definição, contexto e pontos recorrentes na prática. Informação geral, não aconselhamento médico.
A pesquisa sobre Sr9009 apoia-se sobretudo em estudos de laboratório e modelos animais; dados clínicos variam conforme a substância.
Pureza e análise (HPLC, espectrometria de massa), reconstituição correta e armazenamento adequado são decisivos.%!(EXTRA string=Sr9009)
Nem todos os mecanismos estão demonstrados e um estudo isolado não é evidência global. As questões abertas são sinalizadas.%!(EXTRA string=Sr9009)